El nacimiento y declive de la cultura Maya es una pieza importante de la historia de Cozumel.
Originalmente los Mayas se establecieron en Guatemala en el siglo XV A de C. Su cultura e influencia se extendió hasta América Central. En el año 200 A de C llegaron a la península de Yucatán y comenzaron a construir ciudades. La avanzada cultura Maya alcanzó su máximo esplendor desde el siglo VII al siglo IX de nuestra era, para entonces Cozumel fue utilizado como santuario sagrado, peregrinos Mayas venían a adorar a Ixchel, diosa de la luna y la fertilidad.
Los Mayas llamaron a la isla “Cuzaam Luumil” que significa lugar de las golondrinas, y finalmente se adaptó fonéticamente al español como “Cozumel”.
Los españoles llegaron a la isla por primera vez en 1518, en este año arribó pacíficamente Juan de Grijalva y un año más tarde arribó el conquistador Hernán Cortez, Los españoles construyeron una iglesia cerca de donde se encuentra actualmente el aeropuerto internacional de Cozumel. Cortez destruyó muchos templos y monumentos Mayas.
Cuando abandonaron la isla en 1530 la dejaron en ruinas, un tripulante contrajo gripa, enfermedad que aún no existía en América, la epidemia mató a miles y para el año 1600 la isla quedó abandonada.
Los dos siglos siguientes, la isla fue utilizada por piratas como: Henry Morgan y Jean Laffite, para contrabando y base de operaciones.
En 1847 estalla la Guerra de Castas, conflicto armado en la Península de Yucatán entre criollos y mayas nativos. Un año más tarde los desplazados huyeron y tomaron refugio en Cozumel, la isla se repobló y los habitantes se dedicaron a la ganadería, el campo y la pesca, no fue hasta la década de 1950 que un popular documental dio a conocer las bellezas submarinas de la isla de Cozumel y así comenzó el auge turístico, convirtiendo a Cozumel en un importante destino turístico y uno de los puertos de cruceros más importantes del mundo.
El Museo de la Isla de Cozumel exhibe vestigios de diferentes períodos acerca de la historia de la Isla.
